一是农药工业水污染物排放标准的制订以技术为依据，编制组在调研过程中采集了多家农药企业的实际废水样品，进行了大量的检测分析，并且依据农药企业实际排污状况及采用可行的处理技术后所能达到的处理水平来制订排放限值。
二是充分考虑保护环境的需要，标准制订过程中，除了考虑当前的污染治理技术水平外，还充分考虑污染物排放对人体健康及生态环境的影响。基于卫生毒理LD50值、生态毒理LC50值和通用的定值方法等来确定特征污染物的有效控制水平，力求制订的标准能够保护人体健康及生态环境。从充分保护环境的角度出发，标准还增设了综合毒性指标。
三是同时控制水质和水量，标准对于废水的排放，设置了二种控制指标，即最高允许排放浓度和单位产品基准排水量；最高允许排放浓度规定了废水中各污染项目允许排放的最高浓度限值，该指标可控制废水瞬时的环境危害；同时规定单位产品基准排水量，可以实现总量控制，满足排污许可工作的要求，也避免企业简单地采用稀释方式来达到浓度限值。
四是加强对特征污染因子的控制，除常规控制项目外，根据各农药品种的生产工艺及“三废”排放特点，增设特征污染因子；特征污染因子可能是农药产品本身，也可能是农药生产过程中的中间产物。
五是合理参考发达国家标准，编制组对国内外相关标准特别是发达国家标准进行分析研究，总体上保持与发达国家相近和相当的水平上。
六是分类指导，不同产品生产工艺的污染物产生及污染处理水平各不相同，标准征求意见稿根据各产品工艺的特点及污染治理的实际水平提出了相应的指标要求；同时在执行时间上体现新建企业与现有企业的区别；对于综合毒性指标，考虑到支撑条件的限制，拟于农药生产企业换发许可证之时再行实施（首次申领时不实施）。